說起東晉時期的南京歷史，多少有些凄涼。
一種風流吾最愛，南朝人物晚唐詩，東晉是個很奇怪的朝代，前前後後，居然也存在一百多年，說長不長，說短真是不短。雖然辛辛苦苦守住了半壁江山，在南京人記憶中，這是一個帝王不太像帝王，大臣不太像大臣的王朝。這裡是首都，中華文明的中心，皇帝在皇宮中發號施令，有時候管用，有時候根本不管用，標準的然並卵。
毫無疑問，東晉並不強大，相對於混亂的北方，經濟形勢卻越來越好。東晉奠定了一個江南的基本模式，這就是相對和平與注重經濟。從一開始，似乎就有兩股勢力在較勁，在競爭，一個是來自北方的豪門，說起來，這些人也都是難民，屬於無家可歸的主，可是一到南京，立刻反客為主，操著北方的侉音，嘴裡冒著蔥蒜的氣味，談天論地指手畫腳，完全不把江南吳人放眼裡。另一個是土著的江南士族，也算有頭有臉，有身份有地位，內心深處充滿不服氣，像中原人鄙視南方一樣，對南來的過江諸人看不入眼。
過江諸人，每至美日，輒相邀新亭，藉卉飲宴。周侯中坐而嘆曰：「風景不殊，正自有山河之異！」皆相視流淚。唯王丞相愀然變色曰：「當共戮力王室，克複神州，何至作楚囚相對！」
這個故事選入了中學教材，可以說家喻戶曉，沒人不知道。它給當時的南京人隨手塗了幅漫畫，哭著鼻子，流著眼淚，可憐巴巴的樣子，從此加深了大家對這座城市柔弱和沒出息的印象。一般的註釋，都說新亭在南京城西南處，究竟在西南的那個位置，千百年來意見不能統一。首先望文生義，新亭總得有個亭子，亭字從高從丁，所謂停也，所謂留也，「道路所舍，人停集也」。
《說文》上有「漢家因秦十里一亭」，本義應該是古代設在路旁的公房，供旅客停宿或觀賞風景。據專家考證，新亭始建於東吳。南朝劉宋時，山謙之的《丹陽記》上有記載，說新亭源於「吳舊亭」。又有一種說法更早，東漢末年，已經開始出現了私營旅店，「亭」通常作為旅途歇息和迎賓送客的場所，南京的新亭應當也有此功能。
古代的名亭，既然可以用來觀賞風景，便應該會留下一些好詩，六朝時期梁陳之間的陰鏗，有一首《晚出新亭》：
大江一浩蕩，離悲足幾重。
潮落猶如蓋，雲昏不作峰。
遠戍唯聞鼓，寒山但見松。
唐朝的李白也有一首《金陵新亭》：
金陵風景好，豪士集新亭。
舉目山河異，偏傷周情。
四坐楚囚悲，不憂社稷傾。
王公何慷慨，千載仰雄名。
2015年5月，江蘇省六朝史研究會和南京市雨花台區政府主辦了一場研討會，中國專家與來自美國和日本的六朝學研究者，一共討論了六個議題，其中之一就是「新亭的位置」。西善橋街道主任朱向東在論壇上發表了演講，介紹自己考證成果，他雖然不是專業的歷史學者，卻因為多年鑽研南京歷史文化，獲得了學界專家認可。
朱向東的結論，根據各種文獻記載，新亭不僅是一處聚會場所，南京人迎送親朋好友的地方，更重要的還是六朝時期長江岸邊的重要軍事營壘。從軍事地形角度出發，通過對地貌的實地考察，他改變了過去單純從文字到文字的考證，將新亭故址縮小在一個更小的範圍內。
新亭很可能就在今天鳳台南路和軟體大道的交匯口南側，也就是江蘇第二師範學院小行校區周圍延綿的小山崗上。《建康實錄》上曾說，衛d「葬新亭東，今在縣南十里」。根據這句話可以推斷，衛d墓在縣南十里，新亭在墓西，其地點差不多就是現南京市安德門的菊花台。換句話說，新亭應該是在菊花台附近的山上，它既可以是個亭子，也可以是一座小山。
著有《乾道建康志》的史正志，在《新亭記》里有文字記載新亭：
南去城十二里，有崗突然起於丘墟壠塹中，其勢迴環險阻，意古之為壁壘者，或曰此六朝所謂新亭是也。
史正志是南宋時期的人，在南京擔任過三年軍政要職，正是在他手上，又一次復建了新亭，然而是不是還在過去的原址上，有過爭論。事實上，即使是在南宋，也不能確定原址在哪，只能說大差不差，是同一片區域，大致就在那個地方。有些事既要當真，也沒必要太當真。可以肯定的是，當年的新亭緊靠長江邊，是南朝歷代國都建康城的西南要塞，地形必須險要，風景殊異反倒無關緊要。
東吳時的新亭，只是餞送迎賓宴集之所，到了東晉之後，作用發生了改變。劉宋孝武帝征討劉劭，曾在此修建營壘，他的手下王僧達，因此改新亭為「中興亭」。當時上游舉兵下犯，必定要經過新亭，後來的南齊太祖蕭道成便稱它是「兵沖」之地，也就是兵家必爭。
在交通還不發達的古代，長江水道基本上就是一條高速公路，很顯然，南京的新亭，軍事作用才是最主要的。新亭在，南京城就在，守住了新亭，就守住了南京。千萬不要以為過江諸人，只是在這對泣，只會在這哭鼻子流眼淚，此處也曾是古戰場，也曾經刀光血影，真槍實彈地打過好幾仗。
有一年，江州刺史桂陽王劉休范舉兵於尋陽，遠道而來進攻南京，朝廷惶駭，當時還是劉宋大臣的蕭道成，與將軍們聚在一起商議對策，時間緊迫，情況危急，大家一時無話可說，都拿不出主意。最後還是蕭道成發表了自己的看法，說以往長江上游叛亂，都因為行動遲緩導致失敗，桂陽王一定會吸取前人教訓，率輕裝部隊急流東下，乘我們沒防備，來一個突然襲擊，因此應該在新亭防守，「以當其鋒」。
形勢已經如此，大家也沒別的招數，只好都同意他的意見，都簽字畫了押，只有中書舍人孫千齡不同意，這傢伙與桂陽王已有「密契」，也就是說曾有密約，早就懷了二心，說還是應該按照過去的辦法，派軍去據守梁山。
帝正色曰：「賊今已近，梁山豈可得至！新亭既是兵沖，所欲以死報國耳。」乃單車白服出新亭。加帝使持節、都督征討諸軍事、平南將軍，加鼓吹一部。築新亭城壘未畢，賊前軍已至，帝方解衣高卧，以安眾心。乃索白虎幡，登西垣，使寧朔將軍高道慶、羽林監陳顯達、員外郎王敬則，浮舸與賊水戰，大破之。未時，張敬兒斬休范首，台軍及賊眾俱不知。其別率杜黑蠡急攻東壘，帝挺身上馬，帥數百人出戰，與黑蠡拒戰，自晡達明旦，矢石不息。其夜大雨，鼓叫不復相聞。將士積日不得寢食，軍中馬夜驚，城內亂走。帝執燭正坐，厲聲呵止之，如是者數四。
這一段記錄於《南史・齊本紀》上的文字，足以顯現出當年鐵騎突出刀槍鳴的氣勢，蕭道成後來成了南齊的開國皇帝。
大抵南朝皆曠達，可憐東晉最風流，別光想著東晉是如何的軟弱不堪，軟弱和強硬從來都是相對，根據史書記載，最早在新亭駐軍，應該是征西大將軍桓溫。東晉簡文帝司馬昱死後，桓溫的權力達到巔峰，他「入赴山陵，止新亭，大陳兵衛」。也就是說在新亭安營紮寨，隨時隨地準備發動軍事政變。在當時，要想軍事政變，必須先除掉謝安和王坦之，為什麼呢，因為這兩個人是簡文帝臨終時托以治國重任的顧命大臣。
說到東晉，說起南京，必然會想到當年的王謝兩豪門。事實上，東晉初年「王與馬，共天下」中的琅琊王氏，很快就在南京失勢了，很快就開始衰落。風水輪流轉，王坦之雖然也姓王，卻不是琅琊王氏，而是出自山西太原，此王已非彼王。桓溫是個新貴，很像他的前輩曹操和王敦，都是「臣強主弱」的狠角色，都習慣於挾天子以令諸侯，完全不把孱弱的皇上放在眼裡。而且桓溫也是位駙馬爺，權傾朝野，只要再除掉了謝安和王坦之，他便可以獨自一人說了算。
王坦之也可以算是東晉名臣，是官二代，父親是尚書王藍田。他心裡非常害怕，問謝安應該怎麼辦，謝安也沒什麼好辦法，形勢擱在面前，只能坦然面對，說「晉祚存亡，在此一行」，去也得去，不去也得去。這時候，桓溫暗藏著殺機，表面上是邀二人到新亭宴集敘舊，地點就選在山上的亭子里。此處地勢高峻，且山頂開闊，可容數千人，是中軍大帳的所在地，在四周埋伏一些刀斧手很容易。
說白了，這就是一場發生在南京家門口的鴻門宴，謝安和王坦之如約來到中軍大帳，見了桓溫，王坦之已汗流沾衣，連奏事的手版都拿顛倒了。謝安則從容鎮靜，入席而坐，問候完畢，對桓溫說：
安聞諸侯有道，守在四鄰，明公何須壁後置人邪？
翻譯成現代漢語就是，「我聽說古時候有道的諸侯大臣，他們的衛兵應該設守在四方，你明公英名一時，又何必要在幕後埋伏士卒呢？」 舊時對有名位者尊稱「明公」，三國時，呂布被曹操打得狼狽不堪，在白門樓上對軍士們說：「卿曹無相困，我當自首明公」。呂布帳下的首席謀士陳宮便說：「逆賊曹操，何等明公。」呂布想投降，陳宮極力反對，說曹操這樣的人，哪能算狗屁的「明公」，我們怎麼能向他投誠呢。
謝安此時稱桓溫「明公」，把桓溫與曹操相提並論，弄得桓溫很不好意思，便傳令下去，立刻撤掉躲在後面的士卒。就這樣在談笑之間，臨危不懼的謝安，在南京城西南處的新亭，為東晉朝廷避免了一場顛覆政權的戰爭。當時南京，還沒有後來的高大城牆，發生在新亭的這一幕，感覺就好像是發生在城門樓上。
不管怎麼說，已經定格的新亭對泣歷史畫面，確實有些悲慘，有些讓人不堪。很容易給人產生不好印象，彷彿東晉的過江諸人，只會像個娘們那樣的哭泣。本來北方人來到南京，反客為主，也不想就此死死地賴在江南。金窩銀窩不如自己狗窩，滯留南京也是沒辦法，毫無疑問，他們把有家不能回的情緒帶到了南京，失敗的陰影一直像烏雲一樣籠罩著這個城市。
然而傷心歸傷心，烏雲籠罩歸烏雲籠罩，畢竟是處在一種相對和平的環境中。很多人在這裡變得越來越安逸，越來越沒有了「克複神州」的鬥志。不過這顯然也不是當時南京的全部，熟悉東晉典故的人，一定還會記得祖逖的聞雞起舞，想當年，祖逖渡江北伐，中流擊楫，那是多麼的英勇豪邁：
逖居京口，糾合驍健，言於睿曰：「晉室之亂，非上無道而下怨叛也，由宗室爭權，自相魚肉，遂使戎狄乘隙，毒流中土，今遺民既遭殘賊，人思自奮，大王誠能命將出師，使如逖者統之以復中原，郡國豪傑，必有望風響應者矣。」
睿素無北伐之志，以逖為奮威將軍、豫州刺史，給千人廩，布三千匹，不給鎧仗，使自召募。
逖將其部曲百餘家渡江，中流擊楫而誓曰：「祖逖不能清中原而復濟者，有如大江。」
遂屯淮陰，起冶鑄兵，募得二千餘人而後進。
祖逖北伐曾收復了大片河南領土，最後已沒有力量再北渡黃河。他再也沒有回來，就死在了北方。「所謂睿素無北伐之志」，既是事實，也有些習慣性的臆測。以東晉初年的實力，北伐只能是一種空洞口號，朝廷君臣必須體現出北伐之意。決心必須要有，具體怎麼實行另當別論，司馬睿自身的地位難保，他本來就不是那種強悍之主，加上江東的經濟狀況，當時經濟仍然還是南不如北，北方正在衰退，那只是因為戰亂，以經濟基礎看，當然還是北方更好。
永和二年十一月，也就是公元346年，桓溫上疏朝廷，請求伐蜀，未等朝廷回復，便與征虜將軍周撫，還有輔國將軍司馬無忌，一起率軍冒險西進。朝廷得知消息后，憂慮不已，認為桓溫兵力過少，又是深入險要偏遠的蜀地，擔心他最終會兵敗而回。結果卻是屢戰屢勝，沿長江而上，已經進逼至成都城下，在郊外的笮橋與成漢軍隊決戰。
當時戰況慘烈，東晉的軍隊前鋒失利，參軍龔護戰死，成漢的軍箭矢甚至射到了桓溫的馬前。諸將皆有些驚慌，意欲趕快退兵，而負責擊鼓的士兵，卻在一片慌忙中，誤擊了前進的鼓聲。這個錯誤犯得很及時，於是晉軍破釜沉舟，拚死一搏，終於反敗為勝，大敗漢軍，桓溫趁勝攻入成都，滅了成漢政權。
成漢是五胡十六國中第一個滅亡的國家，率兵消滅它的，就是東晉的桓大將軍。至此，東晉領土面積擴大了許多，對於首都南京來說，這是一個極大的喜訊，非常出乎意外。要知道，東吳時期孫權夢寐以求，也沒能夠得到蜀地，現在三國時期東吳和蜀漢的國土，都已經歸南京所有了，這是南京城從未有過的榮耀。因此，不能簡單地說東晉軟弱，若以當時獲得的領土面積而論，東晉又何弱之有。