寫個答案吧，畢竟是學地球科學的，不回答這問題實在有愧於本專業。雖然目前的方向是礦床方向，但是回答這個問題綽綽有餘。我不專門論述月球了，要說的太多。找本稍微專業的書都比我講的系統很多，且易於完善吸收。這裡，我只針對答案回答題主的疑問。
開始答題：
首先，給答案：月球，根據目前的科學研究表明，它的確是自然形成的，它和地球，以及整個太陽系都是同一時代形成的，當然太陽要稍早一些。
然後逐條回復。
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1.月球上已知的岩石壽命超過了太陽系的壽命 接近我們這個宇宙的壽命。如果誕生時候有他 說明撞擊的時候地球上和其他行星也應該有相同壽命的物質，很可惜，沒有！
目前，從月球上採樣的岩石年齡分析，月球的年齡約為 45 億年左右，和地球差不多。目前地球的年齡爭論已經不大，為 45.5 億年，爭論也就是在後面的年齡的誤差範圍有所爭議。而目前公認的宇宙年齡是 138 億年。所以說，月球上已知的岩石壽命超過太陽系壽命，這是個偽命題。
目前關於岩石定年的方法在地質學界非常普遍。一般常用的方法為放射性同位素年齡法，包括鋯石 U-Pb 定年，Rb-Sr 定年，Sm-Nd 定年，U-Pb 年齡，Ar-Ar 年齡定年等等，很多。月球上，由於岩漿蓬髮，表面的岩石主要為基性岩，玄武岩等。我沒有查看月球定年的專門文獻，如果我猜的不錯的話，應該是對玄武岩進行鋯石 U-Pb 年齡，因為這種定年方法相對其他年齡要更精確。
月球上的物質和地球上的物質沒什麼兩樣。根據目前定年以及對月球的觀測來看，月球應該是何地球同一時期形成的。
2.月球在宇宙中自然形成的 恰好和地球的自轉相吻合，造成了有一面永遠朝向地球的情況，隨著地球的自轉，月球永遠一面朝向地球。如果是自然形成的，稍稍偏離個一點，就有可能在未來的幾萬年裡偏差越來越大，我們做的鐘錶長時間不糾正，就越來越不準，偏差越來越大就是這個道理。
這是一個衛星的同步自轉的問題，沒有你想象的那麼神奇，在太陽系中主要行星和它的衛星都是這樣的。這是動能和勢能長期平衡的一個結果。還有給題主說一個地質學界的常識，幾萬年這個單位太小太小，幾萬年對於地球對於月球的漫長經歷，滄海之一粟都不算，刻度太小，地球月球的關係不會有什麼變化。我們的定年的基本單位是百萬年。
給一個維基百科的鏈接，同步自轉
3.月球的隕石坑，無論面積多大，深度都很淺。很多證據（有證據哈不是瞎說的）已知月球是一個金屬空芯球體，外面覆蓋著一層塵土。自然環境下怎麼形成的本身就不可能。
目前已經可以確定，月球和地球的組成基本一樣。也有殼、幔、核等分層結構，不過遺憾的是由於月球比較小，散熱快，目前月幔已經冷卻，不像地球地幔還在繼續噴發，會噴發出岩漿。
怎麼可能是空芯呢。。。說個地球的常識吧，地殼的密度是最小的，地核密度最大，地幔介於兩者中間，地核的內由於內部壓力加上萬有壓力，密度極其大，地核根據地震波的傳播速度表明，內核為固體，而外核為液態。半徑約有 3470 km，主要由鐵、鎳，高密度，地核物質的平均密度大約為每立方厘米 10.7 克。溫度非常高，有 6680℃。
算了，敲字太累，直接上圖。
所以，月球為實心，固態，而且密度非常非常大
再說，隕石坑這事情。在天體上，大多數天體上都有很多隕石坑，在地球上就有很多隕石坑。我會告訴你我國搞隕石坑最厲害的科學家就在我們研究所么……暴漏身份信息了。
地球上有隕石坑相對較小且不為大家看見，因為，地球的岩漿活動極為活躍，且地表有大氣的作用，另外外表的造山運動極為強烈。岩漿活動的強烈會破壞已形成的隕石坑，地表的大氣作用，會在隕石衝擊的時候會與高速前來的巨大小行星發生摩擦，然後燃燒，所以很多小隕石到地球表面就已經被大氣燃燒殆盡。到地球上的就是一些巨大的小行星了，他們帶來的威力是巨大的，比幾萬個原子彈厲害多了。
這是經過幾千上百個百萬年的歷史之後形成的巨大的隕石坑，歷經這多年的風化剝蝕地表的水流侵蝕等等今天還這麼大，你可以想象當年它的威力多大，上圖，這是墨西哥尤卡坦半島契克蘇勒伯隕石坑，直徑有 198 千米，它來源於 6500 萬年的隕石撞擊。很多科學家懷疑恐龍就滅絕於這次事件。
至於，月球上的隕石坑，由於既沒有岩漿活動，也沒有地表大氣的的保護，也沒有運動以及植被，所以，這麼多隕石坑自然很容易被發現。隕石坑淺的問題，太大的我們就看不見了，因為你我肯定都滅亡，他的威力太大。
你的證據是錯誤的。因為月球不是空芯的球體，所以得出這樣的結論自然是無稽之談。至於隕石坑上面已經說的很詳細了。
4.月球的體積不可能作為地球的衛星，縱觀太陽系的衛星和母星的關係，引力和質量是有一定的比例的，其實地球的引力對於月球來講是微乎其微的，但是月球卻能客服其他外力，誰都不理，只和引力微小的地球一起旋轉。並且一轉就是個幾億年？
你這個說法，完全錯誤。縱觀太陽系的行星和它的衛星，你會發現，有很多行星的衛星都很大，比月球相對地球來說大多了。據我所知木星的衛星就比月球大多了。木衛三甚至是太陽系中除了太陽和八大行星以外最大的天體。而在外太空科學家已經發現雙子星，就是兩個大致相同大小的行星相互繞行。
至於，你說的一轉就是幾億年，你說的太短了，他們轉了幾十億年了。這個要涉及到宇宙形成之初的星體成因的問題了。目前大致有三種說法，我不引了，因為我目前專業方向不在這一塊，手頭沒有參考資料，自己喜歡就百度吧。這三種說法其中的任何一個都和你的說法完全矛盾，即月球不是從外太陽系飛來的。
5 月球的存在根據已知的證據 大概是這種情況：我們的太陽系誕生后，突然半路殺出個程咬金從外太陽系飛來一個星球，誰都不理睬，不偏不倚偏偏圍著地球轉。我們可憐的小破地球小小的引力真是厲害，能把只比自己小六分之一的星球捕獲，並且抵消各種慣性外力，讓它圍著自己旋轉，並且就特么這麼精準讓它只有一面朝向自己。
這個問題，涉及到宇宙大爆炸后，行星起源的問題，上面我提到有三種說法，這三種說法中，行星的衛星為捕獲的學說都不成立，即月球不可能是從外太陽系飛來的。給你推薦本書，任何一本地質學專業的科普教材《普通地質學》裡面都會講的。
6，那就是月球和地球的距離是不固定的。並且軌道也不完全精確，時近時遠月球在地球上觀測，時大時小。這個解釋有很多，沒一個能讓我信服的，很多人只是照搬網路上的話，並沒有自己的思考，自己做做實驗就明白了。
距離當然不固定，要是固定，那麼月球繞地球的軌道，你想想應該是怎麼樣的，那就是一個圓。而事實上天體的軌道是一個近似的橢圓。但是月球繞地球的運行的軌道是固定。符合萬有引力定律，至於軌道不完全精確，很容易理解，由於日地距離一直在變化。這個我引用百度百科
地球軌道是指地球圍繞太陽運行的路徑，大體呈偏心率很小的橢圓，夏至 6 月 22 日前後距太陽最遠，冬至 12 月 22 日前後最近，最近 1.4958×108 千米，最遠 1.496×108 千米，平均距離為 1.496×10^8 千米。地球公轉的平均角速度為每日 0.99°，亦即每日約 59′。根據軌道周長和上述周期，則得地球公轉的平均線速度為每秒 29.78km，即每秒約 30km。地球公轉的角速度和線速度，都因季節而變化。由於日地距離的變化，造成太陽對於地球的引力的變化：地球離太陽近時，它受太陽的引力就大，公轉的角速度和線速度都變大；地球遠離太陽時，速度就變小。地球自轉角速度為 15 度 / 小時。自轉線速度為隨緯度升高而降低，線速度可用公式 465cosy 米 / 秒來計算(y 為任意點的地理緯度)。緯度 30°、60°、90°(兩極)各處點的線速度分別為 403 米 / 秒、233 米 / 秒和 0 米 / 秒月球的軌道平面（白道面）與黃道面（地球的公轉軌道平面）保持著 5.145 396°的夾角，而月球自轉軸則與黃道面的法線成 1.5424°的夾角。因為地球並非完美球形，而是在赤道較為隆起，因此白道面在不斷進動（即與黃道的交點在順時針轉動），每 6793.5 天（18.5966 年）完成一周。期間，白道面相對於地球赤道面（地球赤道面以 23.45°傾斜於黃道面）的夾角會由 28.60°（即 23.45°+ 5.15°） 至 18.30°（即 23.45°- 5.15°）之間變化。同樣地，月球自轉軸與白道面的夾角亦會介乎 6.69°（即 5.15° + 1.54°）及 3.60°（即 5.15° - 1.54°）。月球軌道這些變化又會反過來影響地球自轉軸的傾角，使它出現±0.002 56°的擺動，稱為章動。
總結下：
1 月球和太陽系中的天體壽命接近，約 40 多億年，遠小於宇宙的 138 億年。且組成岩石和地球大致相同。
2 月球的公轉周期和地球的自轉的周期一樣長，是衛星的同步自傳。
3 月球是個實心球體。隕石坑的深淺，在於碰撞的小行星的大小，或許早期有較大的星體跟月球發生碰撞，合二為一，也有可能，但這樣我們在外表是看不出來的。
4 底下補充中對 @One Two 的回復已經很詳細.
5 月亮為從外太空捕獲的說法是錯誤的。
6 作者的懷疑沒有道理，因為軌道是固定，偶有偏移，也是因為日地距離的變化造成的小的波動。
完
好累，因為目前的專業方向為礦床，手邊沒有可參考的文獻和書籍，也懶於為了一篇科普回答去查閱文獻，許多資料沒有出處，特別希望同行的學者同學海涵，尤其是科學院的同學們。
以上圖片均來源於網路，部分資料參考百度百科和維基百科。
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補充：
樓下 @One Two 指出，木衛三很大，可是木星更大，相對月球和地球的質量比和體積比來說，他倆依然很小，這裡用木星做例子不妥。
我回答問題的時候，沒有注意到這一點，疏忽了。多謝 @One Two 細心指出，表揚下~~這裡補充作答這個問題。
地月質量之比為 81:1，半徑之比為 4:1，如果按這個比例來算，確實是 8 個行星裡面相對自身最大的衛星。算一個比較奇怪的現象：但科學家對這個問題已經有一個比較合理的解釋，目前認為：在形成星體的時候，質量較大的離太陽太近的星雲，被太陽捕獲了，太清的被太陽吹出的猛烈太陽風，把周圍的物質都吹走了，沒有物質來形成衛星了。所以，離太陽太近的金星和水星沒有衛星，而火星的兩顆衛星和月亮相比太小。那麼，在太陽和地球之間的星雲在形成星體的時候，就聚集在質量較大的地球旁邊，形成月亮這麼一個和地球質量比體積比比較大的“怪胎”。
@Roc Lee 提到答案寫的比較洋洋洒洒。我在在上面對答案最後進行了總結。這裡謝謝 @Roc Lee 同學的提醒。